من بداية حكمه أظهر باسيليسكيوس دعمه للعقيدة الميافيزية. يذكر زكريا سكولاستيكوس كيف أنه مجموعة من الرهبان المصريين ذو العقيدة الميافيزية قد انتقلوا من الإسكندرية إلى القسطنطينية للاعتراض على الإمبراطور زينو لصالح تيموثي، ولكن وعند وصولهم إلى العاصمة، وجدوا المنتخب حديثا باسيليسكيوس بدلا من ذلك. كان رئيس المكاتب الحالي, والطبيب السابق لباسيليسكيوس، شقيقاً لأحد الرهبان، مما سهل فرصة مقابلة الوفد لباسيليسكيوس . و بدعمٍ من ثيوكتيستوس والإمبراطورة، استطاعوا إقناع باسيليسكيوس بأن يعيد من المنفى البطاركة الميافيزيين .
Source: wikipedia.org