تُوجَد عدّة مصادر للمياه المُغذِّية لبُحيرة المنزلة، وهي:
- بوغاز الجميل القديم، والجديد: تتغذّى البُحيرة بالمياه المالحة من خلال قناة تقع عند كوبرى الرسوة، حيث تصل القناة بين قناة السويس، وبورسعيد.
- بوغاز الديبة (الصفارة): يُغذّي بوغاز الديبة منطقة مُثلَّث الديبة الواقعة في محافظة دمياط، حيث تُوجَد فتحات موجودة في مُثلَّث الديبة تصلها بالبحر.
- قناة الرطمة، وقناة الصفارة: تتمّ تغذية البحيرة بمياه مختلطة من خلال الجزء المالح الواقع في فرع دمياط.
- مياه شروب: وتنبثق هذه المياه من أربعة مصادر، هي: مصرف بحر البقر الذي يُعَدُّ مصدراً رئيسيّاً لتلوُّث البُحيرة بمياه الصرف الصحّي، ومصرف السرو؛ وهو مصرف زراعيّ يقع في محافظة دمياط، ومصرف حادوس؛ وهو مصرف زراعيّ يفصل بين محافظة الشرقيّة، ومحافظة الدقهليّة، ومصرف رمسيس؛ وهو مصرف زراعيّ يقع في محافظة الدقهليّة.
Source: mawdoo3.com