If you do not find what you're looking for, you can use more accurate words.
انضم في عام 1549 إلى الأسطول البحري للجنرال العام تومي دو سوسا (1502 - 1579) بناء على طلب من ملك البرتغال جون الثالث إلى جمعية اليسوعيين للبدء بالعمل التبشيري وهداية الشعوب الأصلية في الأمريكتين إلى المسيحية، إذ كانوا وثنيين في نظر الكنيسة الكاثوليكية، عبر بناء الكنائس والمعاهد الدينية وتعليم المستوطنين.
وصل نوبريغا إلى رئاسة باهيا في 29 مارس عام 1549 برفقة خمسة يسوعيين آخرين. كانت أولى أوامر الجنرال العام هي إيجاد العاصمة سالفادور (وتعني الحامي في اللغة البرتغالية) والاحتفال بقداسها الأول عام 1549.
سعى نوبريغا وزملاؤه إلى تحقيق الهدف من مهمتهم إلا أنهم واجهوا الكثير من المصاعب لأن المستوطنين أساؤوا معاملة الشعوب الأصلية وحاولوا استعبادهم. سرعان ما انخرط مانويل بشدة في قضية الدفاع عن الهنود (الشعوب الأصلية)، مما أدى إلى مواجهته اشتباكات عنيفة مع المواطنين وسلطات المستعمرة الجديدة، بما فيهم الجنرال العام وخلفه دوارتا دا كوستا.
لكسب السلطة في قتاله ضد المستوطنين، طلب نوبريغا من الملك إنشاء نظام حكم أسقفي في البرازيل، وهو ما حققه في 25 فبراير عام 1551. بدأ الأسقف الأول للبرازيل بيدرو فيرنانديز ساردينا بمزاولة مهامه في 22 يونيو عام 1552. أسس نوبريغا بعد ذلك الكلية اليسوعية في سالفادور. عُيّن نوبريغا المدير الأول للمجتمع اليسوعي في العالم الجديد، وهو المنصب الذي بقي فيه حتى عام 1559. إلا أن الأسقف ساردينا قُتل وأُكل من قبل الهنود المتوحشين بعدما تحطمت سفينته، مما غير من نظرة نوبريغا تجاه مهمته في تلك البلاد.
بعدما أحس بمدى صعوبة هداية الهنود الراشدين إلى المسيحية، ركز نوبريغا جهود اليسوعيين على تعليم الأطفال الصغار الذين امتلكوا ذهنًا متفتحًا. بدأ اليسوعيين ببناء المدراس الابتدائية لتعليم كل من اللغتين البرتغالية واللاتينية إضافةً إلى مبادئ محو الأمية والدين. اكتشف اليسوعيين أن الغناء كان طريقة شديدة التأثير في كسب انتباه التلاميذ، وكان نوبريغا بين رواد من استخدموا الموسيقى في التعليم ضمن البرازيل. للمساعدة في تبشير الأطفال إلى الإنجيلية، فكر نوبريغا بإحضار سبعة أطفال يتامى إلى البرازيل وتعليمهم لغة الهنود، وبالتالي ليجيدوا التحدث بلغتين ويعملون كمترجمين. غالبًا ما كان الأطفال يذهبون إلى المدارس البعيدة مشيًا على الأقدام، وكان الهنود يرافقونهم ويحمونهم. أصبح بعض من هؤلاء الأطفال كهنةً يسوعيين أيضًا.
في عام 1552، رافق نوبريغا مرة أخرى تومي دو سوسا إلى ساو فيسينتي، والتي هي حاليًا الجزء الجنوبي من ساو باولو. رافقته هناك مجموعة أخرى من اليسوعيين برفقة جوزيه دي أنشيتا، ثم راهب مبتدئ، والذين سافروا كلهم برفقة ميم دو سا، الجنرال الأول المُرسل من قبل الملك. عزم نوبريغا في مهمته الجديدة إلى مواصلة العمل في التعليم الديني وتعليم الهنود. احتفل كل من نوبريغا وأنشيتا بقداسهم الأول في 25 يناير عام 1554 ضمن الكلية اليسوعية في ساو باولو في إحياءً لذكرى تحوّل القديس بولس الطرسوسي إلى المسيحية. كانت لتصبح المستوطنة حول هذه المدرسة واحدة من أكبر مدن العالم، ساو باولو.