يرأس الجهاز التنفيذي للأكاديمية بإداراتها المختلفة والأقسام العلمية والأمانة العامة والإدارة المركزية للوحدات الاستشارية، وله نائبان:
- نائب الرئيس لشؤون التعليم والبحوث: مسؤولا عن كلية العلوم الإدارية في المقر الرئيسي وفروع الأكاديمية، والمعهد القومي للإدارة العليا في المقر الرئيسي وفروع الأكاديمية، ومركز البحوث الإدارية
- نائب الرئيس لشؤون التدريب ووحدات الإدارة المحلية: مسؤولا عن مركز التدريب الإداري ومركز تنمية الإدارة المحلية والبيئية ومركز الاستشارات الإدارية.
شغل منصب رئيس الأكاديمية:
- علاء الدين محمد الغزالي : منذ 24 يناير 2012 وحتى الآن
- أحمد محمود يوسف، منذ 9 أغسطس 2006, وحتى 24 يناير 2012
- هدى صقر، من 2005 وحتى 9 أغسطس 2006
- حمدى عبد العظيم
- أمين فؤاد الضرغامى
- محمد الشناوي
- العزازي، ما بين عامي 1996 و2000 باشا باشا
- مصطفى رضا عبد الرحمن، ما بين عامي 1992 و1996
- عمرو عبد المجيد غنايم، ما بين عامي 1989 و 1992
- عادل عبد الحميد عز، منذ إنشاءها إلى 1
Source: wikipedia.org