كتب theoretical background
اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
الخلفيّة النظريّة (معلومة)
أُطلق على المحاولات الأولى في النظاميات الجزيئيّة مصطلح التصنيف الكيميائيّ، واستخدمت البروتينات والإنزيمات والكربوهيدرات وغيرها من الجزيئات التي فُصلت وسُميت باستخدام تقنيات مثل الكروماتوغرافيا. استُبدلت تلك التقنيات في الأزمنة الحديثة بتقنيات سلسلة الدنا، التي تنتج نفس التسلسلات للنيكليوتيدات أو القواعد في أشرطة الدنا أو الحمض النوويّ الريبوزيّ المستخرجة باستخدام التقنيات المختلفة. في العموم، تُعتبر تلك التقنيات ممتازة بالنسبة للدراسات التطوريّة، لأن آثار التطور تنعكس في تسلسل الجينات. حاليًا، تظل عملية وضع تسلسل الدنا الكامل للكائن عملية طويلة وباهظة. إلا أنه من الممكن تحديد تسلسل منطقة معينة على الكروموسوم. تتطلب تحليلات النظاميات النموذجيّة تحديد تسلسل نحو 1000 زوج قاعديّ. عند أي موضع في التسلسل، تُظهر القواعد الموجودة في أي مكان اختلافًا بين الكائنات. يُشار إلى التسلسل المحدد الذي وجد في كائن ما بمصطلح النمط الفردانيّ. ولأنه يوجد أربع أنواع من القواعد، و1000 زوج قاعديّ، يمكن أن نحصل على 41000 نمط فردانيّ مميز. أما بالنسبة للكائنات الموجودة في نوع معين أو مجموعة من نوع ذي صلة، وجِد تجريبيًّا أن هناك أقليّة من المواقع فقط تُظهر اختلافًا، وأغلب الاختلافات الموجودة مرتبطة ببعضها، وبالتالي فإن عدد الأنماط الفردانيّة المميزة قليل نسبيًّا.
في التحليل النظاميّ الجزيئيّ، تُحدد الأنماط الفردانيّة لمنطقة معينة من المادة الوراثيّة، وتُستخدم عينة من الأفراد المستهدفة في النوع أو الأصنوفات الأخرى. تُبنى العديد من الدراسات الحالية على الأفراد. تُحدد الأنماط الفردانيّة للأفراد المرتبطة، ومن الأصنوفات المختلفة. تُحدد أخيرًا الأنماط الفردانيّة من الأعداد الأقل من الأفراد من أصنوفة مختلفة أيضًا: يُشار إليها بمصطلح المجموعة الخارجيّة. تُقارن تسلسلات القواعد للأنماط الفردانيّة بعد ذلك. وفي صورتها الأبسط، يُحسب الاختلاف بين نمطين فردانيّين بحساب عدد المواقع التي تحتوي على قواعد مختلفة: ويُشار إليها بعدد الإحلالات (يمكن أن يحدث نوع آخر من الاختلافات بين الأنماط الفردانيّة، على سبيل المثال، إضافة جزء من الحمض النوويّ في نمط فردانيّ لا يوجد في الآخر). يُعبَّر عن الاختلافات بين الكائنات بمصطلح "نسبة التباعد" بقسمة عدد الإحلالات على عدد الأزواج القاعديّة المحللة: يكمن الأمل في أن تكون تلك القياسات مستقلة عن موقع وطول جزء الدنا الذي يُحدد تسلسله.
كانت تُستخدم إحدى المقاربات العتيقة والمُتجاوزة لتحديد التباعد بين النمط الوراثيّ للأفراد بتهجين الدنا. كانت الفائدة المدعاة لاستخدام التهجين بدلًا من تسلسل الجينات هو أنها مبنية على النمط الجينيّ الكامل، بدلًا من أجزاء معينة في الدنا. تتغلب التقنيات الحديثة لمقارنة تسلسلات الدنا على هذا الاعتراض باستخدام تسلسلات متعددة.
بمجرد تحديد التباعد بين كل أزواج العينات، يكون الناتج مصفوفة مثلثيّة من الاختلافات كشكل من التحليل العنقوديّ الإحصائيّ، ويُفحص الرسم الشجريّ الناتج لرؤية ما إذا كانت العينات تتجمع بصورة يمكن توقعها من الأفكار الحالية عن تصنيف المجموعة. يمكن وصف أي مجموعة من الأنماط الفردانيّة التي تشبه بعضها بعضًا أكثر من أي نمط فردانيّ آخر بمصطلح الفرع الحيويّ. تساعد التقنيات الإحصائيّة على توفير تقديرات موثوقة لمواقع الأنماط الفردانيّة خلال شجرة التطور.
