يقال أنه كان ممن حرض على عثمان بن عفان وللرد على شبهة محمد بن أبي بكر بالتحريض سئل الحسن البصري:
- (أكان فيمن قتل عثمان، أحد من المهاجرين والأنصار؟ قال: كانوا أعلاجًا من أهل مصر.)
- وقال ابن تيمية : ولا أحد من السابقين الأولين دخل في قتل عثمان.
وهذه النصوص وأمثالها تبرئ محمد بن أبي بكر من دم عثمان.
ظهرت ثلاث روايات تتهم محمد بن أبي بكر، ومنها رواية للذهبي المشكوك بها وقد ظهرت بعد أكثر من 600 سنة من مقتل عثمان يتهم فيها محمد بن أبي بكر:
- ذكر شمس الدين الذهبي (مواليد 1274م / توفي 1348م) أن محمد بن أبي بكر سار لحصار عثمان، وفعل أمرًا كبيرًا، فكان أحد من توثب على عثمان حتى قُتل.
- قال المؤرخ الأندلسي ابن عبد البر (368 هـ - 463 هـ) : وقيل إن محمدًا شارك في دم عثمان،، وقد نفى جماعة من أهل العلم والخير أنه شارك في دمه، وأنه لما قال عثمان، : (لو رآك أبوك لم يرض هذا المقام منك). فخرج عنه وتركه، ثم دخل عليه من قتله، كما نقل عن كنانة مولى صفية بنت حيي، وكان ممن شهد يوم الدار- أنه لم ينل محمد بن أبي بكر من دم عثمان بشيء.
Source: wikipedia.org