في بداية إنشاء المعهد وافتتاحه للمرة الأولى تولى الشيخ محمد بهجة البيطار إدارته، وفي افتتاحة للمرة الثانية تولى إدارته الشيخ إبراهيم الشورى. أما مديروا المعهد منذ افتتاحه عام 1345هـ1927م حتى إغلاقه عام1381هـ1961م فهم حسب الترتيب:
- محمد بهجة البيطار تولى إدارته في عام 1345هـ حتى أغلق للمرة الأولى
- إبراهيم الشورى، تولى الإدارة بعد الافتتاح الثاني، وهو أول مصري يُنتدب للعمل في سلك التربية والتعليم بالمملكة العربية السعودية في عام 1374هـ.
- علي بن محمد الحبشي تولى إدارة المعهد من عام (1352-1356هـ).
- شيخ بن علي بابصيل عُين مديراً بالنيابة عام (1356-1357هـ).
- أحمد محمد العربي تولى إدارتها للفترة ما بين عام (1358-1365هـ) حيث فصل المعهد عن مدرسة تحضير البعثات.
- عبد الله أحمد عبد الجبار عُين مديراً للمعهد عام 1366هـ، واستمر إلى عام 1369هـ.
- محمد حلمي آل سعيد تولى إدارة المعهد عام 1369هـ، وظل في منصبه إلى عام 1376هـ.
- سعيد عبد العزيز الجندول.
- عبد الملك عبد الرحمن ملا.
Source: wikipedia.org