بالرغم من الفوائد العديدة التي تقدمها المجاهر الالكترونية؛ إلّا أنَّ لها بعض العيوب، منها:
- ارتفاع تكلفتها، كما أنَّ تكاليف صيانتها مرتفعة.
- الحاجة إلى الدقّة والخبرة عند إعداد العينة المراد دراستها.
- الحاجة إلى وضع طبقة رقيقة من المعدن على العينة مثل الذهب؛ للسماح للإلكترونات بالانعكاس عنها.
- عدم إمكانية استخدامها لمراقبة الخلايا الحية؛ وذلك لأنّ العينة يجب أن تخضع للتجفيف، ولجرعة عالية من الإشعاع مما يؤدي إلى موتها.
- تشغل حيّزاً كبيراً.
Source: mawdoo3.com