يسير المرصد مدير عام، يساعده في عمله عدة الإدارات التالية:
- إدارة اليقظة الصحية
- الإدارة الفرعية لليقظة الوبائية
- الإدارة الفرعية لليقظة الدولية والتشخيص والاستقصاء المخبري الجرثومي الميداني
- إدارة اليقظة البيئية والاتصال والتكوين
- الإدارة الفرعية لليقظة البيئية
- الإدارة الفرعية للاتصال والتكوين
- مصلحة الوسائل ونظم المعلومات
- مصلحة الشؤون الإدارية والمالية
Source: wikipedia.org