If you do not find what you're looking for, you can use more accurate words.
بعدما اصبح كارلو أنشيلوتي مدرباً للنادي البافاري لم يكن لماريو غوتزة مكاناً في تشكيلته فنصحه أن يبحث عن نادٍ آخر يناسبه فاختار العودة إلى نادي بوروسيا دورتموند ليلتقي بصديقه القديم ماركو رويس. ففي 21 يوليو 2016، أكد غوتزه عودته إلى صفوف ناديه السابق بوروسيا دورتموند، بموجب عقد مدته أربع سنوات. وقد ذكر أيضًا أنه يأسف لقراره بالانضمام إلى بايرن ميونخ قبل ذلك بثلاث سنوات. وفي 11 سبتمبر 2016، لعب غوتزه أول مباراة رسمية بعد عودته، ضد فريق آر بي لايبزيغ وفيها خسر فريقه بنتيجة 1-0. وعلى الرغم من الخسارة، تلقى غوتزه العديد من الإشادات جراء ما قدمه في تلك المباراة. بعد بثلاثة أيام فقط، سجل غوتزه هدفه الأول لدورتموند منذ فوز فريقه بنتيجة 6-1 على البوندسليجا على غريثر فورث في أبريل 2013. حيث سجل هدف الافتتاح ضد ليغيا وارسو في المباراة التي انتهت بفوز تاريخي قوامه 6-0 في دور المجموعات بدوري أبطال أوروبا.
بعدما أخد وقته في التكيف مع طريقة لعب نادي بوروسيا دورتموند، تمكن غوتزه من استرجاع مستواه المعهود، حيث واجهه فريق السابق بايرن ميونخ في 20 نوفمبر 2016. حيث صنع غوتزه الهدف فريقه الوحيد في المباراة والتي انتهت بنتيجة 1-0. بعد بأربعة أسابيع تقريبًا، سجل غوتزه أول هدف له في البوندسليجا منذ عودته إلى دورتموند، ضد نادي هوفنهايم في المباراة التي انتهت بالتعادل الإيجابي 2-2. في فبراير من عام 2017، تم عانى غوتزه من مرض غامض، وقد حددته وسائل الإعلام على أنه اعتلال عضلي، وهو مرض التمثيل الغذائي الذي يمكن أن يسبب له شهورِاً بالتعب وزيادة الوزن. وقد قيل أن المرض يفسر بعض مشاكل اللياقة البدنية غوتزه خلال المواسم العديدة السابقة مع بايرن وعند عودته إلى دورتموند. أنهى غوتزه ذلك الموسم بهدفين من 16 مباراة شارك فيها
عاد غوتزه إلى الملاعب في 14 يوليو 2017 بعد غياب طويل بسبب اصابته باضطراب أيضي، حيث شارك في مباراة ودية ضد نادي أوراوا رد دايموندز الياباني وانتهى اللقاء بنتيجة 3-2 لنادي بوروسيا. في 19 أغسطس 2017 لعب غوتزه أول مباراة رسمية منذ بداية 2017، حيث استطاع فريقه أن يفوز خارج أرضه ضد نادي فولفسبورغ بنتيجة 3-0 في المباراة الأولى من موسم 2017–18، حيث استطاع غوتزه من صناعة أحد الأهداف الثلاثة. بعد تلك المباراة، أشاد مدربه بيتر بوش بأداء غوتزه، لكنه سرعان ما حذره قائلاً "إنه يحتاج إلى توخي الحذر مع لاعب خط الوسط من أجل الحصول على الشفاء التام". أنهى غوتزه ذاك الموسم بهدفين بعدما شارك في 32 مباراة.
في 9 فبراير من عام 2019، سجل غوتزه هدفه الخمسين في الدوري الألماني، بعدما سجل هدف التعادل لفريقه ضد فريق نادي هوفنهايم ولتنتهي المباراة بالتعادل الإيجابي فيما بينهم بنتيجة 3-3. وبذلك الهدف إستطاع غوتزه من الحفاظ على سجله الخالي من الخسائر في حال تسجيله هدف في المباراة لـ 43 مباراة.
في اليوم الافتتاحي من موسم 2019–20، ظهر ماريو غوتزه في المشاركة ال 200 مه نادي بوروسيا دورتموند، حيث شارك كبديل في الشوط الثاني. في مباراة انتهت بفوز فريقه بنتيجة 5-1 ضد نادي آوغسبورغ.