قُبِض عليه في 14/10/1999 م فيما عُرِف بـ(قضية النقابيين)، وأُحيل إلى المحكمة العسكرية هو وعشرون نقابيًّا متَّهمًا في هذه القضية، وحكمت عليه المحكمة العسكرية برئاسة اللواء "أحمد الأنور" بالسجن ثلاث سنوات؛ بتهمة الانتماء إلى (الإخوان المسلمون)، والإعداد لانتخابات النقابات المهنية، وأُفرِج عنه في 8/10/2002 م.
في ديسمبر 2006 أحاله الرئيس المصري حسني مبارك إلى محاكمة عسكرية استثنائية ضمن 40 من قيادات ورجال أعمال الإخوان المسلمين رغم حصوله على عدة أحكام براءة من القضاء المدني المصري، وفي 12 يوليو 2009 حكم القضاء المصري بالإفراج عن بشر ضم 13 من قيادات الإخوان لاستكمالهم ثلاثة أرباع المدة لكن النظام المصري رفض الإفراج عنهم، وتم الإفراج عنه في 15 يناير 2010 بعد قضاءه ثلاث سنوات في السجن
في نوفمبر 2014 وبعد 17 شهرا على وقوع الانقلاب العسكري في مصر تم القبض عليه ووجهت له تهمة التخابر مع أمريكا والنرويج، وهو الأمر الذي لاقى استهجانا من جانب العديد من القوى السياسية المصرية. وصرحت أسرته بتردي حالته الصحية بمحبسه خاصة مع منع إدخال الأدوية والملابس له.
نحن بحاجة لملفات تعريف الارتباط لكي يعمل هذا الموقع. يرجى تمكينها للمتابعة.
نحن نظهر لك هذه الرسالة لأننا نحترم خصوصيتك.
بإستخدامك هذا الموقع أنت توافق لنا على جمع ملفات تعريف الارتباط "الكوكيز" لتقديم تجربة مستخدم أفضل،
المزيد من التفاصيل.
لا يمكن تصفح الموقع طالما رفضت استخدام الكوكيز لأن الموقع يعتمد عليه بشكل أساسي للعمل