اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
بعد انتهاء الحرب تمت ترقيته إلى لواء، وفي مايو 1939 قام برحلة إلى ألمانيا النازية مرافقا عودة فيلق الكندور. وخلال وجوده في ألمانيا، اطلع ياغوي بانجذاب على المؤسسات والمنظمات النازية. واعجب بشدة بالسياسة الاجتماعية النازية وبالجيش وخاصة لوفتفافه. قاده هذا إلى الحفاظ على الاتصالاته مع قائد لوفتفافه المارشال هيرمان غورينغ. أصبح ياغوي منظرا ألمانيًا نشطًا. وفي 9 أغسطس عينه فرانكو وزيرا للطيران.
من منصبه الجديد، حاول ياغوي إنشاء قوة جوية جديدة بمساعدة ألمانيا النازية وإيطاليا، وبنية قوية للمشاركة في الحرب العالمية المستقبلية لصالح المحور. أرسل ياغوي بالفعل عدة الضباط إلى مراكز التدريب في ألمانيا وإيطاليا، وتوخت خطته اقتناء 5000 طائرة للقوات الجوية، على غرار نموذج لوفتفافه الألمانية. كان للقوات الجوية الإسبانية في ذلك الوقت 14 أفواج وثلاث أسراب جوية، مؤلفة من 172 مقاتلة و 164 قاصفة من أنواع مختلفة، إلى جانب 82 طائرة إسناد و 75 طائرة استولى عليها الجمهوريون. إلا أن التقارير الصادرة عن هيئة الأركان العامة كشفت عن الحالة السيئة لتلك الطائرات، بالإضافة إلى نقص قطع الغيار والوقود. أخيرًا باءت المحاولة بالفشل نظرًا للوضع الرهيب الذي وجدت فيه الدولة نفسها واستحالة تنفيذ مثل هذا المشروع في ظل تلك الظروف.
وبتاريخ 27 يونيو 1940 عزله فرانكو من منصبه وحبسه في مسقط رأسه سان ليوناردو في مقاطعة سوريا. كانت الذريعة الرسمية هي إخبار سفير الولايات المتحدة بأن المملكة المتحدة هُزمت وتستحق. ولكن الحقيقة هي أن ياغوي أصبح أكثر وضوحًا في انتقاده لفرانكو ومعارضته لسياسته الانتقامية، فكان يعمل على إعادة تأهيل ضباط الطيران الجمهوريين، بل كان متورطًا في مؤامرة للإطاحة فرانكو، والتي اكتشفتها جهاز المخابرات. تم استبداله في منصبه الوزاري بالجنرال خوان فيجون.
وفي 1941 بدأ ياغوي في إدارة مستعمرة سجن سان ليوناردو، وهو مجمع للسجون تم إنشاؤه لإعادة بناء مسقط رأسه وتحسين بنيته التحتية. ومع ذلك بسبب عدم كفاءتها التنظيمية، انتهى الأمر بمديرية الأمن العام إلى تكليف ضابط السجن المسؤول عن حل المشاكل القائمة. وبعد زيارته للبلدة أرسل هذا المسؤول تقريرًا لرؤسائه ندد فيه بأن الجنرال تحدث "بكلام حساس" عن فرانكو وسيرانو سونير.
وفي 12 نوفمبر 1942 أعاد فرانكو تعيين ياغوي قائداً عسكريًا لمليلية ومندوبًا حكوميًا في تلك المنطقة. وذلك بعد أيام قليلة من وصول الحلفاء إلى المستعمرات الفرنسية في شمال إفريقيا. تمت ترقية ياغوي إلى رتبة فريق في يوليو 1943، وفي 10 أكتوبر تولى القيادة العامة للمنطقة العسكرية السادسة ومقرها بورغوس، وقيادة الجيش في نافارا. بصفته القائد العام لبورغوس، فقد طور عملًا اجتماعيًا مهمًا في المدينة، وهو بناء مدينة رياضية مدنية-عسكرية، وبناء حي إسكاني "خوان ياغوي" وأيضاً ما يسمى "مبني الجنرال ياغوي الصحي" أو مستشفى الجنرال ياغوي، الذي افتتح سنة 1960 الذي ظل نشطا حتى سنة 2012، عندما استبدل بمستشفى جامعة بورغوس الجديد.
على الرغم من تعيينه الجديد، إلا أن ياغوي ظل نشطًا في مؤامراته ضد فرانكو. وخلال هذه المرحلة، حافظ على مراسلات سرية مع خوان دي بوربون، حيث عبر ياغوي عن انزعاجه من فرانكو وطالب باستعادة الملكية، عن طريق استبدال فرانكو بمجلس ملكي برئاسة أغوستين مونيوث غراندس بحيث يمثل جميع القطاعات التي يجب أن تؤخذ في اعتبارها التواصل مع هتلر. ولكن فقد تغير مصير ألمانيا النازية بعد هزيمتها الكارثية في معركة ستالينجراد وخسارتها الحرب. وفي أكتوبر 1944 كقائد عام للمنطقة العسكرية السادسة، كان له دور ذو صلة في صد غزو وادي أران من قبل الجمهوريين الإسبان الذين قاتلوا في المقاومة الفرنسية خلال الحرب العالمية الثانية.
توفي خوان ياغوي بلانكو في بورغوس سنة 1952. ورقي بعد وفاته إلى رتبة الحاكم العام للجيش، ليحل محل الجنرال فاريلا الذي نالها أيضًا بعد وفاته. وفي سنة 1953، مُنح لقب ماركيز دي سان ليوناردو دي ياجوي العنوان بعد وفاته.