كتب بايرن ميونيخ

في 23 أبريل 2013 تم الإعلان عن انتقال غوتزه لصفوف بايرن ميونيخ ابتداءً من 1 يوليو 2013 وذلك بعدما دفع الفريق البافاري مبلغ 37 مليون يورو المنصوص عليه كبندٍ جزائي في عقد اللاعب. هذا الانتقال جعل من غوتزه وقتها أغلى لاعب ألماني في التاريخ (قبل أن يتحطم الرقم بعد انتقال مسعود أوزيل من ريال مدريد إلى أرسنال). وقد ادّعى مدرب دورتموند يورغن كلوب وقتها أن سبب انتقال غوتزه إلى البايرن هو أن اللاعب يرغب في اللعب تحت إدارة مدرب برشلونة السابق بيب غوارديولا ولكنه أبدى امتعاضه من الإعلان عن الانتقال قبل 36 ساعة من مباراة فريقه في نصف نهائي دوري الأبطال بمواجهة ريال مدريد. وقد صرح كلوب لاحقاً أيضاً أن دورتموند لم يكونوا يمتلكون أي فرصة لإقناع غوتزه بالبقاء معهم وذلك لأنه وبحسب أقواله أن غوارديولا كان يرغب كثيراً في التوقيع معه.

موسم 2013–14

خاض غوتزه مباراته الأولى بقميص بايرن ميونيخ في 11 أغسطس 2013 حيث دخل كبديل لميتشيل وايزر في الدقيقة 60 في مباراة أمام بطل هنغاريا وقد استطاع وقتها تسديل هدفين لفريقه في المباراة الودية التي انتهت بنتيجة 4-1. وقد خاض أول مباراة له مع البايرن في الدوري في 24 أغسطس 2013 بمواجهة ماينز حيث دخل أيضاً كبديل واستطاع صناعة تمريرتين حاسمتين ساهمتا بمساعدة فريقه بقلب تأخره إلى فوز بنتيجة 4-1.

في 23 أوكتوبر من عام 2013 سجل غوتزه أولى أهدافه الرسمية مع بايرن ميونيخ وذلك في المباراة التي فاز فيها فريقه على أرضه بنتيجة 5-0 على فيكتوريا بيلزن في إطار منافسات دوري أبطال أوروبا كما أعطى تمريرة حاسمة لزميله باستيان شفاينشتايغر. في 26 أوكتوبر 2013 دخل غوتزه كبديل لتوني كروس في الدقيقة 25 ليسجل أولى أهدافه في البوندسليغا بقميص البايرن وذلك عبر رأسية ليساعد فريقه على الفوز بنتيجة 3-2 على هيرتا برلين. في 2 نوفمبر عاد إلى التشكيلى الأساسية في المباراة التي انتصر فيها البايرن على هوفنهاين بنتيجة 2-1. وفي 23 نوفمبر سجل أول أهداف فريقه عندما فاز بنتيجة 3-0 خارج أرضه على غريمه وفريق غوتزه السابق بوروسيا دورتموند. ليسجل بعدها مباشرةً أمام سسكا موسكو في دوري الأبطال وفي 7 ديسمبر ساهم غوتزه بهدف وتمريرة حاسمة عندما اكتسح البايرن فيردر بريمن بنتيجة 7-0 خارج أرضه. ليسجل بعدها هدفاً طويل المدى أمام غوانغزهو الصيني في بطولة العالم للأندية حيث فاز فريق 3-0 وتأهل للنهائي الذي فاز به بنتيجة 2-0 بمواجة الرجاء اليضاوي المغرب.

في 24 يناير 2014 شارك غوتزه بمركز المهاجم الوهمي وسجل هدف بمواجهة بوروسيا مونشنغلادباخ ليقود فريقه للفوز بنتيجة 2-0. في 25 مارس سجل مجدداً خلال فوز فريقه بنتيجة 3-1 أمام هيرتا برلين وهو الفوز الذي ضمن حصول بايرن ميونيخ على لقب الدوري الألماني لموسم 2013-2014. ليعود غوتزه بعدها ويسجل هدفين وتمريرتين حاسمتين خلال فوز فريقه بنتيجة 4-1 على نادي هامبورغ في 3 مايو 2014. في 17 مايون لعب ماريو غوتزه 120 دقيقة كاملة بمواجهة فريق السابقة بوروسيا دورتموند في إطار نهائي كأس ألمانيا والذي انتهت بفوز البايرن بنتيجة 2-0 بعد لعب الأشواط الإضافية ليحرز الفريق ثاني بطولاته في ذلك الموسم.، وقد اعتبر موسم غوتزه الأول مع بايرن ميونيخ خليطاً من النجاحات كما اللحظات الصعبة وقد استطاع خلاله تسجيل 15 هدفاً بالإضافة إلى تزويد زملائه بـ14 تمريرة حاسمة.

موسم 2014–15

بعدما ساعد غوتزه منتخب بلاده في الفوز بكأس العالم 2014 عبر إحرازه لهدف النهائي الوحيد في الوقت إلإضافي، بدأ اللاعب الشاب الموسم الجديد رفقة ناديه البافاري بدخوله من على مقاعد البدلاء في المباراة التي خسرها فريقه بنتيجة 2-0 أمام بوروسيا دورتموند في نهائي كأس السوبر الألمانية. في الـ17 من أغسطس سجل غوتزه أول أعدافه في الموسم الجديد بواجهة بروخين مونستر في الدور الأول لكأس ألمانيا. ومن ثم لعب في افتتاحية الدوري في 22 أغسطس كأساسي أمام وولفسبورغ حيث لعب 62 دقيقة ليساهم بفوز فريقه بنتيجة 2-1.، في 23 سبتمبر 2014 سجل هدفين بمواجهة بيديربورن. ليعود ويسجل ثنائية في 18 أوكتوبر هذه المرة أمام فيردر بريمن. وفي 28 أوكتوبر 2014 أعلنت الفيفا عن انضمام غوتزه للائحة الـ23 لاعب المرشحين للفوز بالكرة الذهبية. وفي 22 نوفمبر سجل غوتزه هدف جميل من مسافة طويلة عندما فاز بايرن على هوفينهايم بنتيجة 4-0 وقد تم اختيار الهدف كأجمل هدف في البوندسليغا لذلك الأسبوع. وفي 14 فبراير 2015 عاد غوتزه ليسجل ثالث ثنائية له في الموسم وليضيف إليها تمريرة حاسمة أثناء فوز فريقه بنتيجة 8-0 على هامبورغ

في 28 أبريل 2015 كان غوتزه أحد 4 لاعبين من بايرن ميونيخ أضاعوا ركلات جزاء ترجيحية في المباراة التي خسرها بايرن ميونيخ بنتيجة 0-2 في ضربات الجزاء في إطار نصف نهائي كأس ألمانيا. في مايو تلقى غوتزه انتقادات من فرانتز بيكنباور واعتبره لا يقدم الأداء الجيد ولا يتمتع بالعزيمة المطلوبة. لكن على الجهة الاخرى تلقى اللاعب دعماً من زميله في الفريق أريين روبن الذي قال "يجب أن يأخذ اللاعب الخبرة المطلوبة، فتعلم كيفية التأقلم مع ظروف معينة يساعد اللاعب على أن يصبح أقوى، يمكن للإنتقاد أن يشكل عاملاً إيجابياً في التطور ويجب التحلي بالروح القتالية في هذه الظروف". أنهى غوتزه هذا الموسم وبرصيده 15 هدفاً أحرزها خلال مشاركته في 48 مباراة رسمية.