اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
ثبت أن هذه المعاهدة الأولى لم تدم طويلاً. في عام 1998 استقال سوهارتو أحد القوى المحركة للمعاهدة إلى جانب كيتنغ، بعد ثلاثين عامًا في السلطة. بعد هذه الاستقالة أبرم اتفاق بين إندونيسيا والبرتغال - احتفظت البرتغال بالوصاية على تيمور الشرقية من الفترة الاستعمارية وحتى الاستقلال التيموري القصير في عام 1975 - إلى استفتاء تحت رعاية الأمم المتحدة في عام 1999، وخلاله شعب تيمور الشرقية صوت بأغلبية ساحقة من أجل الاستقلال عن إندونيسيا. أدى الاستفتاء إلى انتشار العنف في جميع أنحاء تيمور الشرقية بين الجيش التيموري الشرقي ومختلف ميليشيات موالية لإندونيسيا والجنود الإندونيسيين مما أدى إلى مقتل العديد من الجانبين. ونتيجة لذلك رعت الأمم المتحدة قوة لحفظ السلام يتم نشرها في إندونيسي، تتألف من تحالف من مختلف قوات الدفاع الوطني، تتكون أساسًا من قوات من أستراليا ونيوزيلندا وتايلاند. وتحت قيادة الأسترالي الجنرال بيتر كوسجروف. دخلت هذه القوة إندونيسيا في سبتمبر عام 1999 وحافظت على السلام في المنطقة حتى تدخلت الأمم المتحدة بقواتها الأمنية المتخصصة. دخلت إدارة الأمم المتحدة الانتقالية في تيمور الشرقية إندونيسيا في أكتوبر 1999 وفي 20 مايو 2002 تم الاعتراف بجمهورية تيمور الشرقية الديمقراطية على أنها مستقلة تمامًا من قبل الأمم المتحدة.
أدت مشاركة أستراليا في تيمور الشرقية إلى خلاف كبير مع إندونيسيا. في عام 2010 لاحظ السفير الإندونيسي آنذاك إمرون كوتان: في الوقت الذي تم فيه إنهاء الاتفاقية، كانت تصرفات أستراليا في تيمور الشرقية غير متوافقة مع نص وروح الاتفاقية". ونتيجة لذلك، في سبتمبر 1999 في نفس الشهر الذي دخلت فيه أستراليا تيمور الشرقية، ألغت إندونيسيا رسميًا اتفاق 1995. بقيت العلاقات بين البلدين صامتة في أوائل العقد الأول من القرن الماضي، حيث قامت إندونيسيا إما بالتأخير أو بإلغاء معظم الارتباطات الرسمية بين البلدين. ومع ذلك سمحت مناسبتان باستعادة العلاقات السياسية القوية بين أستراليا وإندونيسيا قبل التوقيع على معاهدة لومبوك في عام 2006، وهي تفجيرات بالي في عام 2002، والمنتدى الوزاري الإندونيسي الأسترالي السادس في عام 2003. بقيت بعض المشاعر المعادية لأستراليا في إندونيسيا، اشتعلت في أوائل عام 2006 بترحيب أستراليا باللاجئين من بابوا غينيا الجديدة في خضم نزاع بابوا مع إندونيسيا. اقترح الرئيس الإندونيسي سوسيلو بامبانج يودويونو معاهدة أمنية جديدة هذه المرة قبل وقت قصير من زيارته إلى أستراليا في أبريل 2005، وهو اقتراح سيصبح في نهاية المطاف معاهدة لومبوك.