كتب أساليب قائمة على التماثل
اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
أساليب قائمة على التماثل (معلومة)
عادةً ما تكون البروتينات متشابهة التسلسل متماثلة وبالتالي لها وظيفة مماثلة، ومن ثم فإن البروتينات الموجودة في جينوم متسلسل حديثاً يتم وصفها بشكل روتيني باستخدام تسلسلات من بروتينات مماثلة في جينومات ذات صلة. ومع ذلك فإن البروتينات وثيقة الصلة لا تتشارك دائماً في نفس الوظيفة. على سبيل المثال، بروتينات الخميرة Gal1 و Gal9 هي paralogs ( مطابقة 73% ومتشابهة 92%) التي طورت وظائف مختلفة جداً مع Gal1 كونها galactokinase و Gal3 عبارة عن محفز نسخي.
لا توجد سلسلة -متشابهة ثابتة للتنبؤ الوظيفي «الآمن» ؛ العديد من البروتينات ذات تشابه تسلسلي بالكاد يمكن كشف ان لها نفس الوظيفة في حين أن البعض الآخر (مثل Gal1 و Gal3) متشابهة إلى حد كبير ولكنها طورت وظائف مختلفة. و كقاعدة عامة، عادة ما تعتبر التتابعات التي تكون أكثر من 30%-40% متطابقة ذات الوظيفة نفسها أو وظيفة مشابهة جداً.
بالنسبة للإنزيمات، تكون التنبؤات الخاصة بالوظائف المحددة صعبة للغاية، حيث انها تحتاج فقط إلى عدد قليل من الوحدات البنائية الاساسية في موقعها النشط،وبالتالي فإن التسلسلات المختلفة جداً يمكن أن يكون لها أنشطة مشابهة جداً. على النقيض من ذلك، حتى مع وجود تسلسل متطابق 70% أو أكثر، فإن 10% من أي زوج من الانزيمات لها ركائز مختلفة؛ والاختلافات في التفاعلات الانزيمية الفعلية ليست غير شائعة بالنسبة ل 50% من تطابق التسلسل.
