كتب الأساليب القائمة على البنية
اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
الأساليب القائمة على البنية (معلومة)
نظراً لأن بنية البروتين ثلاثي الأبعاد تتم المحافظة عليها بشكل جيد أكثر من تسلسل البروتين، فإن التشابه الهيكلي هو مؤشر جيد لوظيفة مماثلة في اثنين أو أكثر من البروتينات. تم تطوير العديد من البرامج لفحص بنية بروتينية مجهولة ضد بنك معلومات البروتين وتقديم تقرير عن هياكل مماثلة (على سبيل المثال FATCAT، Flexible structure AlignmenT by Chaining AFPs (Aligned Fragment Pairs) with Twists، التمدد الاندماجي CE، و Deepalign لمحاذاة هيكل البروتين وراء القرب المكاني. للتعامل مع الوضع الذي لا يحتوي على العديد من متواليات البروتين لها هياكل لحلها، يتم تطوير بعض خوادم التنبؤ الوظيفية مثل RaptorX التي يمكنها أولاً التنبؤ بالنموذج ثلاثي الابعاد للتسلسل ثم استخدام اسلوب يستند إلى بنية للتنبؤ بالوظائف استناداً إلى نموذج 3D المنشأ به. في العديد من الحالات ؛بدلاً من هيكل البروتين بالكامل، يمكن استهداف البنية ثلاثية الابعاد لمفهوم معين يمثل موقعاً نشطاً أو موقع ربط، طريقة SALSA طورت من قبل ماري جو اونديرشين وطلابها.الخصائص الكيميائية المحسوسة للاحماض الامينية الفردية لتحديد المواقع النشطة كيميائياً حيوياً. وقد تم تطوير قواعد البيانات مثل أطلس الموقع التحفيزي والتي يمكن البحث فيها باستخدام تسلسلات برة تينية جديدة للتنبؤ بمواقع وظيفية محددة.
