اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
داخل الأمعاء، يمكن العثور على غالبية الميكروبات في الأمعاء الغليظة، حيث درجة الحموضة أعلى وأكثر ملاءمة لبقائها. غالبًا ما تكون هذه البكتيريا أكثر فعالية من إنزيماتنا الهاضمة، وهي تعمل على هضم البروتين والكربوهيدرات. أظهرت نتائج أكثر من 690 ميكروبيوم بشري أن غالبية بكتيريا ميكروبيوم الأمعاء تنتمي إلى أربع شعب: متينات الجدار، والعصوانيات، والبكتريا الشعاوية، والمتقلبات.
يمتلك المهبل أكثر من 200 نوع من الأنماط، وينتمي أكثرها شيوعًا إلى متينات الجدار، والعصوانيات، والبكتريا الشعاوية، والبكتريا المغزلية. يمكن لحمض اللبن وبيروكسيد الهيدروجين اللذين تفرزهما أصناف العصية اللبنية أن يخفضا درجة الحموضة، ما يزيد من نسبة البكتيريا ويسبب التهاب المهبل الجرثومي.
حَدد البروفيل الأول للميكروبات في حالات الحمل السليم أن مجهريات البقعة المتعايشة غير المسببة للأمراض تكون من شعب متينات الجدار، وعديمات الجدار، والمتقلبات، والعصوانيات، والبكتريا المغزلية.
فُحصت تسعة مواقع داخل الفم من خلال مشروع الميكروبيوم البشري، ووُجد أنها غنية بأكثر من 300 جنس تنتمي إلى أكثر من 20 شعبة من البكتيريا.
أطلقت معاهد الصحة الوطنية الأمريكية (إن آي إتش) مشروع الميكروبيوم البشري (إتش إم بّي) في عام 2008. يتمثل الهدف العام للمشروع بوضع توصيف شامل لمجهريات البقعة ودورها في صحة الإنسان ومرضه، بالإضافة إلى تطوير مجموعات بيانات وأدوات يمكن للعلماء استخدامها لدراسة التجمعات الميكروبية. الأهداف المحددة هي على النحو التالي:
الوسيلة الأساسية للتوصيف هي من خلال تسلسل الرنا الريبوسومي 16 إس والتسلسل العشوائي الميتاجينومي. تشمل مواقع الجسم التي تُؤخذ منها العينات الجلد، والتجويف الفموي، والأمعاء، والمهبل، والتجويف الأنفي. يحتوي الموقع الإلكتروني لمشروع إتش إم بّي على بيانات التسلسل والاستبناء الأيضي وبروفيل المجتمع الميكروبي. استُخدمت مجموعات البيانات هذه لربط بعض المتغيرات السريرية بتركيب الميكروبيوم.