كتب building a phylogenetic tree
اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
بناء شجرة تطور السلالات (معلومة)
تُنشأ أشجار تطور السلالات المكونة من عدد غير بديهي من تسلسل المدخلات باستخدام أساليب علم تطور السلالات الحسابي. تعتبر أساليب مصفوفة المسافة، مثل الارتباط المتجاور أو طريقة UPGMA، التي تحسب المسافة الجينية من تراصف السلسلة المتعدد أبسط الطرق من ناحية التنفيذ. ولكنها لا تستند على نموذج تطوري. تقوم العديد من أساليب تراصف التسلسل، كبرنامج كلوستال مثلاً، بإنشاء أشجار تطور السلالات باستخدام الخوارزميات الأكثر بساطة (أي تلك المستندة إلى المسافة) لإنشاء هذه الأشجار. وهناك طريقة أخرى بسيطة لحساب شجرة تطور السلالات، والتي تدعى الاقتصاد الأقصى أو Maximum Parismony. ولكنها تشتمل على نموذجٍ ضمني للتطور. تستخدم الأساليب الأكثر تقدماً معيار الأمثلية لتقدير الاحتمال، غالباً عن طريق استدلال بايزي، وتطبق نموذجاً واضحاً للتطور لتقدير شجرة تطور السلالات. إن تحديد شجرة التطور المثلى باستخدام العديد من هذه التقنيات هو مسألة NP صعبة. لذلك تُستخدم طرق الاستثمال والحدس المهني جنباً إلى جنب مع وظائف تصحيح الشجرة لتحديد إن كانت الشجرة جيدة ومناسبة للبيانات.
يمكن تقييم أساليب بناء الأشجار على أساس عدة معايير:
- الكفاءة (كم من الوقت يستغرق حساب الإجابة؟ وكم الذاكرة التي تحتاجها؟)
- الطاقة (هل تستخدم البيانات استخداماً جيداً، أم تُهدر المعلومات؟)
- الاتساق (هل سنحصل على نفس الإجابة مراراً وتكراراً إن حصلنا في كل مرة على بيانات مختلفة لنفس النموذج؟)
- القوة (هل تتعامل بشكل جيد مع الانتهاكات التي تتعارض مع افتراضات النموذج الأساسي؟)
- قابلية الدحض (هل تنبهنا عندما يكون استخدامها غير مجدٍ؟ أي عند انتهاك الافتراضات؟)
حصلت تقنيات بناء أشجار التطور على اهتمام علماء الرياضيات. وبالإمكان أيضاً بناء الأشجار باستخدام نظرية T.
