كتب مستشار خاص لوزارة العدل

في 16 مايو 2017 أجرى مولر مقابلة مع الرئيس ترامب للعمل كمدير لمكتب التحقيقات الفيدرالي ولكن لم يوظف ترامب مولر وقدم على الفور تعليقات يريدها أن تسير باتجاه جديد - شخص لم يكن في المنصب من قبل- . في اليوم التالي 17 مايو 2017 عين نائب المدعي العام رود روزنشتاين مولر للعمل كمستشار خاص في وزارة العدل الأمريكية. وبهذه الصفة، يشرف مولر على التحقيق في "أي روابط أو تنسيق بين الحكومة الروسية والأفراد المرتبطين بحملة الرئيس دونالد ترامب وأي أمور تنشأ أو قد تنشأ مباشرة من التحقيق".

حصل تعيين مولر للإشراف على التحقيق على الفور على دعم واسع النطاق من كل من الديمقراطيين والجمهوريين في الكونغرس. وقال السناتور تشارلز شومر: "المدير السابق مويلر هو بالضبط الشخص المناسب لهذا المنصب. لدي الآن ثقة أكبر بكثير بأن التحقيق سيتبع الحقائق أينما كانت تقود". صرح السيناتور روب بورتمان، "السابق في ال اف بي اي :"مولر هو مؤهل جيدا للإشراف على هذا التحقيق". صرح نيوت جينجريتش، رئيس مجلس النواب الجمهوري السابق والمعلق السياسي المحافظ البارز، عبر تويتر بأن "روبرت مولر خيار رائع ليكون مستشارًا خاصًا. سمعته لا تشوبها شائبة من أجل النزاهة والكرامة ". بسرعة للإشارة إلى وجود تضارب مصالح مزعوم. "القانون الاتحادي لا يمكن أن يكون أكثر وضوحا - مولر معرض للخطر بسبب تضاربه الواضح في الاهتمام بكونه قريب من جيمس كومي" ، قال النائب ترنت فرانكس، الذي دعا لأول مرة إلى مولير للتنحي خلال الصيف، في تصريح ل فوكس نيوز "إن ظهور الصراع كافٍ لوضع مولير في موضع انتهاك للقانون. ... كل الاكتشافات في الأسابيع الأخيرة تجعل القضية أقوى".

عند تعيينه كمستشار خاص، استقال مويلر وزميلين له (عميل سابق في مكتب التحقيقات الفيدرالي آرون زيبلي، ومساعد خاص سابق للمدعي العام في قوة المدعي الخاص ووترغيت جيمس ل. كوارلز الثالث) من ويلمرهيل. في 23 مايو 2017 ، أعلن خبراء الأخلاق بوزارة العدل الأمريكية أنهم قد أعلنوا أن مولر قادر أخلاقياً على العمل كمستشار خاص. الناطق الرسمي للمحامي الخاص هو بيتر كار، الذي أخبر شبكة ان بي سي نيوز أن مولر قد قام بدور نشط في إدارة التحقيق. في مقابلة مع وكالة أسوشيتد برس، قال روزنشتاين إنه سوف يتنصل من الإشراف على مولر، إذا كان هو نفسه سيصبح موضوعًا في التحقيق بسبب دوره في إقالة جيمس كومي.

في 14 يونيو 2017 ، ذكرت صحيفة واشنطن بوست أن مكتب مولر يحقق أيضا في قضية الرئيس ترامب شخصيا حول احتمالية عرقلة العدالة، في إشارة إلى التحقيق الروسي. تم استجواب التقرير من قبل محامي الفريق القانوني ل ترامب" جاي سيكولو" ، الذي قال في 18 يونيو / حزيران في برنامج "مقابلة مع شبكة" إن بي سي: "الرئيس لم يكن قيد التحقيق بسبب العرقلة" ، بسبب الدور المركزي عائلة ترامب في الحملة، والانتقال، والبيت الأبيض، صهر الرئيس جاريد كوشنر، يخضع أيضاً لتدقيق خاص من مولر. وفي يونيو أيضاً، أمر ترامب بإطلاق النار على روبرت مولر، لكنه تراجع عن ذلك عندما هدد مستشار البيت الأبيض دون مكغان بالانسحاب. 

خلال مناقشة حول الأمن القومي في مؤتمر الأمن في أسبن، في 21 يوليو 2017 ، أعاد مدير وكالة الاستخبارات المركزية السابق جون برينان تأكيد دعمه لمولر ودعا أعضاء الكونجرس إلى مقاومة ترامب ما إذا أطلق النار علي مولر. كما قال إنه "من واجب بعض المسؤولين التنفيذيين في الفرع أن يرفضوا تنفيذ بعض هذه الأوامر التي تتعارض مرة أخرى مع ما يدور حول هذا البلد." بعد إطلاق النار علي بيتر سترزوك، محقق لمولر، عن التحيز المزعوم، السناتور مارك وارنر، العضو في لجنة اختيار مجلس الشيوخ الأمريكي المختار في الاستخبارات في خطاب ألقاه في 20 ديسمبر 2017 قبل مجلس الشيوخ حذر من أزمة دستورية إذا قتل الرئيس ترامب مولر. 

في 30 أكتوبر 2017 ، رفعت مولر اتهامات ضد بول مانافورت وريك جيتس. وتشمل التهم الاثنتا عشرة التآمر على غسل الأموال، وانتهاك قانون تسجيل الوكلاء الأجانب لعام 1938 باعتباره عميلاً غير مسجَّل لمدير أجنبي، وكذبة، ومضللة، وتصادر بيانات عمل وكلاء، والتآمر ضد الولايات المتحدة

في 1 كانون الأول / ديسمبر 2017 ، توصل مويلر إلى اتفاق مع مستشار الأمن القومي السابق مايكل فلاين، الذي أقر بأنه مذنب في تقديم شهادة زور إلى مكتب التحقيقات الفيدرالي حول اتصالاته مع السفير الروسي سيرغي كيسلياك. كجزء من مفاوضات فلين، لا يُتوقع توجيه اتهام إلى نجله، مايكل جي. فلين، وفلين على استعداد للإدلاء بشهادته بأن المسؤولين رفيعي المستوى في فريق ترامب قد وجّهوه إلى إجراء اتصالات مع الروس. في 16 فبراير 2018 ، مولر اتهم 13 روسيًا و 3 شركات روسية بمحاولة خداع الأمريكيين لاستهلاك الدعاية الروسية التي استهدفت المرشحة الديمقراطية هيلاري كلينتون

في 20 فبراير عام 2018 ، اتهم مولر المحامي أليكس فان دير زوان بإدلائه بتصريحات كاذبة في التحقيق الروسي.