اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
في أعقاب هجمات 11 سبتمبر 2001 في الولايات المتحدة، بدأت الحكومة السورية تعاونها المحدود مع الولايات المتحدة في الحرب على الإرهاب. وفي إحدى هذه الحالات، حذرت المخابرات السورية الولايات المتحدة من خطة لتنظيم القاعدة مماثلة لتفجير يو إس إس كول، والتي كانت تهدف إلى قيادة طائرة شراعية محملة بالمتفجرات نحو مقر الأسطول الخامس للبحرية الأمريكية في البحرين. وكانت سوريا واحدة من الوجهات الأكثر شيوعا للولايات المتحدة لإرسال أسرى خارج حدودها للتعذيب، وهو برنامج يعرف باسم "التسليم الاستثنائي".
وقد أدى المعارضة السورية لحرب العراق إلى تدهور العلاقات. ونشأ خلاف خطير لأن الحكومة السورية لم تمنع المقاتلين الأجانب من استخدام الحدود السورية لدخول العراق ورفضت ترحيل عناصر حكومة صدام حسين السابقة التي تدعم التمرد العراقي. وفي المقابل، أعرب المسؤولون السوريون عن قلقهم بسبب التدفق الكبير للاجئين العراقيين إلى بلدهم. ومن القضايا التي تثير قلق الولايات المتحدة تدخلها المستمر في الشؤون اللبنانية، وحمايتها لقيادة جماعات الرفض الفلسطينية في دمشق، وسجلها في مجال حقوق الإنسان، وسعيها إلى امتلاك أسلحة الدمار الشامل. وتضاءلت العلاقات بعد اغتيال رئيس الوزراء اللبناني السابق رفيق الحريري. وفي فبراير 2005، عشية اغتيال الحريري، استدعت الولايات المتحدة سفيرها إلى واشنطن.
في عام 2008، شنت وكالة المخابرات المركزية الأمريكية وقيادة العمليات الخاصة المشتركة الأمريكية غارة شبه عسكرية استهدفت تنظيم القاعدة في العراق في بلدة السكرية في البوكمال. وكشفت تقارير لاحقة عن وقوع ما يقرب من اثنتي عشرة عملية مماثلة في سوريا وباكستان وأماكن أخرى منذ إصدار أمر تنفيذي سري في عام 2004، وهو أمر شبكة القاعدة التنفيذي، سمح بمثل هذه البعثات، وينص على أن البعثات الموجودة في بلدان حساسة مثل سوريا وباكستان تتطلب موافقة رئاسية.