اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
أعيد انتخاب كايبر في انتخابات عام 1901، متغلبًا على الليبرالي دي كليرك. هُزم مرة أخرى في أمستردام، إذ هزمه نولتينغ، الليبرالي الحر. لم يشغل مقعده في البرلمان، إذ عُيِّن بدلًا من ذلك مسؤولًا عن تشكيل الحكومة، وعُيّن لاحقًا رئيسًا للوزراء في الحكومة الهولندية. شغل أيضًا منصب وزير الشؤون الداخلية. أراد في الأصل أن يصبح وزيرًا للعمل والمشاريع، ولكن لم يرد أي من ماكاي أو هيمسكيرك، معارضي الثورة البارزين، أن يصبح وزيرًا للشؤون الداخلية، ما أجبره على تولي الحقيبة الوزارية. أظهر كايبر خلال فترة عمله رئيسًا للوزراء أسلوبًا قويًا في القيادة: غيّر النظام الداخلي لمجلس الوزراء ليصبح رئيسًا لمجلس الوزراء لمدة أربع سنوات (كانت رئاسة مجلس الوزراء قبله تتناوب بين أعضائها).
كانت حقيبة الشؤون الداخلية في ذلك الوقت واسعة جدًا: شملت الحكومة المحلية والعلاقات الصناعية والتعليم والأخلاق العامة. كان إضراب السكك الحديدية في عام 1903 من القضايا الحاسمة لحكومته. قدم كايبر العديد من القوانين القاسية جدًا لإنهاء الإضرابات (ما يسمى بقوانين الخنق، أو بالهولندية worgwetten)، ودفع تلك القوانين من خلال البرلمان. اقترح أيضًا تشريعات لتحسين ظروف العمل، ولكن لم يوافق البرلمان سوى على قوانين صيد الأسماك وبناء الموانئ. في مجال التعليم، عمل كايبر على تغيير عدد كبير من قوانين التعليم لتحسين الوضع المالي للمدارس الدينية. هُزم قانونه الخاص بالتعليم العالي، والذي كان ليجعل شهادات الجامعات القائمة على العقيدة مساوية لشهادات الجامعات الحكومية، في مجلس الشيوخ. نتيجةً لذلك، حل كايبر مجلس الشيوخ، وقُبِل التشريع بعد انتخاب مجلس جديد. شارك أيضًا في السياسة الخارجية بصورة فاعلة، ما منحه لقب «وزير السفريات الخارجية».