كتب selection of target proteins
اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
اختيار البروتينات المستهدفة (معلومة)
لضمان ان لا احد من المتنبئين لديه معلومات مسبقة عن هيكل البروتين ولكي لا يكون لديه افضلية عن الاخرين، من المهم ان تقام التجربة بطريقة مزدوجة التعمية: كل من المتنبئين والمنظمين يجب ان لا يعرفوا هياكل البروتينات في وقت انشاء التجارب. البروتينات المستهدفة قد تكون اما على وشك ان تكتشف بواسطة تقنية الدراسة بالاشعة البلورية أو هياكل تم اكتشافها حديثا ومحفوظة في بنك بيانات البروتينات. إذا كانت المتسلسلة المعطاة مرتبطة الاصل ببروتين معروف الهيكل ) يسمى قالب), بالإمكان استخدام تصميم البروتين المنافس “دراسة البلورات بالأشعة السينية” للتنبؤ بشكل ثلاثي الأبعاد القوالب يمكن العثور عليها باستخدام اساليب تسلسل المحاذاة (على سبيل المثال BLAST أو HHsearch) أو protein threading التي هي أفضل في إيجاد قوالب بعيدة الصلة. وإلا يجب تطبيق دي نوفو بنية البروتين التنبؤ (على سبيل المثال روزيتا) وهي أقل موثوقية ولكن في بعض الأحيان يمكن أن تسفر عن نماذج صحيحة (عادة، البروتينات أقل من 100-150 حمض أميني). التراكيب الجديدة كليا اصبحت نادرة، مما يجعل هذه الفئة أقل من المرغوب فيه.
