لقي المنهج الفكري الذي يتبعه الشيخ انتقادات متعددة ومن المواضيع التي لقيت انتقاداً وطرحت حولها تساؤلات :
- نظرته للقضاء والقدر ونظرته لعلم الله المستقبلي كانت موضع نقد.
- النبوة كسبية أم وهبية موضوع نقاش عنده وهي كسبية عند أهل السنة والجماعة.
- نفي المعراج الجسدي للنبي محمد.
- له نظرة خاصة لعلم القراءات تختلف عن نظرة غيره من العلماء لها.
- إنكار بعض القصص الواردة في السنة والتي يرى فيها طعناً أو حطاً من قدر الرسل والأنبياء والصحابة.
- كما أن التفسير الرمزي ( كتفسير آية والنجم إذا هوى بأن النجم هو النبي محمد )الذي اعتمده في شرح كثير من الآيات كان موضع أخذ وردً.
- ينكر حد الرجم للزاني المحصن.
المصدر: wikipedia.org