اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
وبعد الاحتلال المغولى للموصل لاقى هذا الجامع كغيره الكثير من الإهمال والتخريب، ودُمرت الموصل تدميرا شبه كاملا. سنة 1146 هـ تولى حسين باشا الجليلي ولاية الموصل، وفي عام 1150 هـ انتشر في المدينة طاعون شديد مات فيه الكثير من أهلها وفي نفس السنة أعيد إعمار وتنظيف الجامع.
في القرن الثالث عشر الهجري حاول محمد بن الملا جرجيس القادري النوري ترميم الجامع. اتخذ له في الجامع تكية عام 1281 هـ وتوفي عام 1305 هـ.
قام المشتشرق الألماني ارنست هرتسفلد بدراسة عن الجامع في أوائل القرن العشرين وقال أن ما بقي في تلك الفترة من الجامع لا يعود كله إلى فترة نور الدين فقط، بل إنه كان بالأصل مبني فوق مسجد بناه سيف الدين غازي الأول عام 543 هـ والتي كانت بدورها أصلا مبنية على ضريح، وهناك من قال أن بناء الجامع بدا قبل مجيء نور الدين إلى الموصل بعشرين سنة وأنه لم يامر بإنشاء الجامع ولكنه أشرف فقط على إتمام بنائه، وأن رواية ابن الأثير مفبركة بهدف إظهار نور الدين وشيخه الملاء بأحسن وجه. ويقال أيضا أن الجامع بنى على كنيسة تسمى كنيسة الأربعين شهيد والتي بنيت على أرض كانت سابقا كنيسة القديس بولس. شكك الديوه جي في هذه الآراء معتمدا بالأساس على نصوص ابن الأثير في هذا الموضوع، والذي كان والده مسؤول رفيع المستوى لدى الزنكيون في الموصل.
مع مرور الزمن تدهورت حالة الجامع، فقد قال تحسين علي في مذكراته أنه لمّا صار متصرف للموصل عام 1358 هـ (1939 م) كان الجامع «مهدمًا ومهجورًا لا يصلح لإقامة الصلاة» وأنه في نفس العام زار الموصل مدير الأوقاف العام وذكر له حال الجامع وما يحتاجه من صيانة، وطلب منه تخصيص مبلغ لهذا الغرض فوافق وشكلت لجنة للعمل على الموضوع. ولكن المدير استُبدل بعدها بفترة وخلفه سحب هذه المنحة وبقي الجامع على حاله. تدخلت بعدها مديرية الأوقاف العامة ووعدت بمبلغ من المال. اشرف مصطفى الصابونجي على البناء حيث تم توسيعه واستخدم في البناء الجديد الرخام وبنى فيه أربع منائر أخرى على حسابه الشخصي، وكان هذا عام عام 1363 هـ (1944 م).