اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
في أغسطس 1998 تم تنفيذ عمليتي تفجير ضد سفارتي الولايات المتحدة في كينيا وتنزانيا واتهمت السلطات الأميركية بن لادن بالوقوف وراء هذين التفجيرين وبناء على ذلك قام الأميركيين بقصف مصنع الشفاء للأدوية في السودان وقصف مواقع في مدينة قندهار الأفغانية. وخلال تلك الفترة حاول الأمريكان مرة أخرى التفاوض مع طالبان حول بن لادن ورفض الملا عمر التفاوض معهم. وبقي بن لادن تحت حماية الطالبان خوفا من عملية اغتيال أو خطف مفاجئة، وقد نفى الناطق الرسمي باسم الحركة وقتها إشاعة أن يكون بن لادن تحت الإقامة الجبرية وأكد أنه يتمتع بحرية التنقل في كافة أنحاء أفغانستان. في العام 2000 تم تنفيذ عملية انتحارية ضد المدمرة الأميركية يو أس أس كول في ميناء عدن اليمني وقتل فيها عدد من جنود المارينز الأميركيين واتهمت السلطات الأميركية بالوقوف خلف تلك العملية. في عام 1999م وضع اسم بن لادن ضمن قائمة المطلوبين التي أصدرها مكتب التحقيقات الفدرالية الأمريكي. وفي عام 2000م شكوك حول علاقة بن لادن بتفجير المدمرة الأمريكية كول في اليمن، والتي أدت إلى مقتل 17 بحارا، وجرح 39 آخرين.
تبعها في العام التالي في 11 سبتمبر 2001 تفجير برجي مركز التجارة العالمي في نيويورك ومبنى وزارة الدفاع الأميركية (البنتاغون) من قبل 19 شابا من أتباع بن لادن بعد وأطلق على تلك العملية اسم هجمات سبتمبر. اختطفت أربع طائرات أمريكية، ضربت اثنتان منها برجي التجارة العالمي في نيويورك، وسقطت الثالثة في بنسلفانيا، بينما حاولت الأخيرة ضرب مبنى البنتاغون، ما أدى في نهاية ذلك اليوم إلى قتل نحو ثلاثة آلاف شخص. أختفى زعيم تنظيم القاعدة عن الأنظار بعد الحرب على طالبان والقاعدة في أفغانستان وظن البعض أن أسامة بن لادن كان مختبئًا في المنطقة الجبلية لأفغانستان والمتاخمة للحدود الباكستانية. وفي شريط مرئي بثته قناة الجزيرة في 30 أكتوبر 2004، برر ابن لادن ولأول مرة سبب إقدام القاعدة على توجيه ضربة للمباني المدنية في الولايات المتحدة، فقد علل بن لادن الضربة بقوله:"بعدما طفح الكيل بالمسلمين من إقدام إسرائيل على اجتياح لبنان سنة 1982، وما تفعله من أعمال إرهابية ضد المدنيين الأبرياء في فلسطين وماتشهده الساحة الإسلامية من انتهاكات إسرائيلية حيال الشعب الفلسطيني. وما أيضًا يراه كل العالم بأن أمريكا تساند وتبارك إسرائيل بما تفعله باحتلالها أراضٍ ليست حقًا لها لا في تاريخ أو حضارة". وادعى "ان الرئيس الأمريكي مخطئ بتفسيره أن القاعدة مناهضة للحرية ويستند قوله على أن القاعدة تقول الحقيقة التي لبثت أمريكا دوما بإخفائها".