اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
تتسرب السوائل من الحفرة وتمر عبر منطقة التربة غير المشبعة (التي لا تمتلئ تمامًا بالماء). بعد ذلك، تتسرب هذه السوائل من الحفرة إلى المياه الجوفية حيث قد تؤدي إلى تلويثها. يُعتبر هذا الأمر مشكلة في حال استخدام بئر مياه قريب لتوفير المياه الجوفية لأغراض الشرب. أثناء مرور المياه في التربة، يمكن أن تموت المُمرضات أو تُمتص بقدر كبير، ويعتمد ذلك في الغالب على زمن الانتقال بين الحفرة والبئر. تموت معظم المُمرضات، لا جميعها، خلال خمسين يومًا من التسرب عبر سطح الأرض.
تختلف درجة إزالة العوامل المُمرضة اختلافًا كبيرًا حسب نوع التربة، ونوع طبقة المياه الجوفية، والمسافة، والعوامل البيئية الأخرى. لهذا السبب، من الصعب تقدير المسافة الآمنة بين الحفرة ومصدر المياه، وهي مشكلة تنطبق أيضًا على خزانات الصرف الصحي. طُورت إرشادات مفصلة لتقدير المسافات الآمنة لحماية مصادر المياه الجوفية من التلوث بمياه الصرف الصحي في الموقع. ومع ذلك، يُتجاهل هذا الموضوع في الغالب في المراحيض ذات حفرة. بالإضافة إلى ذلك، فإن قطع الأراضي المنزلية محدودة الحجم، لذا تُبنى المراحيض ذات الحفرة في كثير من الأحيان بالقرب من آبار المياه الجوفية، بطريقة تحقق فيها أكثر مسافة آمنة. ويؤدي الأمر بدوره إلى تلوث المياه الجوفية ومرض أفراد الأسرة عند استخدام هذه المياه الجوفية مصدرًا لمياه الشرب.
بمثابة مبدأ توجيهي عام للغاية، يوصى بأن يكون عمق قاع الحفرة مترين فوق مستوى المياه الجوفية على الأقل، ويوصى عادةً بمسافة أفقية دنيا تبلغ 30 مترًا بين الحفرة ومصدر المياه، من أجل الحد من التعرض للتلوث الجرثومي. ومع ذلك، لا ينبغي الإدلاء ببيان عام بشأن الحد الأدنى لمسافات الفصل الجانبي اللازمة لمنع تلوث بئر مياه الشرب من المرحاض ذو الحفرة. على سبيل المثال، قد لا تكون مسافة الفصل الجانبي -التي تبلغ 50 مترًا- كافية في نظام كارستي قوي مع بئر إمداد عميق أو ينبوع، في حين تعَد مسافة عشرة أمتار للفصل الجانبي كافية تمامًا في حال توافر طبقة طينية مطلية جيدًا ومساحة حلقية محكمة الإغلاق لبئر المياه الجوفية.
عند تجاهل الظروف الهيدروجيولوجية المحلية (التي يمكن أن تختلف في مساحة تبلغ بضعة كيلومترات مربعة)، يمكن أن تتسبب المراحيض ذات الحفر بحدوث مخاطر كبيرة على الصحة العامة، نتيجةً لتلويث المياه الجوفية. بالإضافة إلى قضية المُمرضات، هناك أيضًا مشكلة التلوث بالنترات في المياه الجوفية الناتجة عن فضلات هذه المراحيض. يُعتقد أن ارتفاع مستويات النترات في مياه الشرب من الآبار الخاصة سبب في حدوث متلازمة الرضيع الأزرق لدى الأطفال في المناطق الريفية في رومانيا وبلغاريا في أوروبا الشرقية.