اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
في عام 1999، انخرطت الهند وباكستان في مواجهة عسكرية في كارجيل، بسبب مغامرة خاطئة قادها رئيس أركان الجيش آنذاك الجنرال برويز مشرف. لم يؤيد التسلل السري لدعم الجنرال برويز مشرف، لكنه بقي هادئًا لصالح قائد الجيش. تم توجيه اتهامات ضده بتضليل القائد البحري الأدميرال فصيح بخاري بشأن مسائل حرب كارجيل لصالح قائد الجيش وتمرده على قرار رئيس الوزراء نواز شريف بشأن تعيين رئيس هيئة الأركان المشتركة.
في عام 1999، عقد مؤتمرا صحفيا جنبا إلى جنب مع مشيد حسين سيد وزير الإعلام آنذاك، وحذر الهند في نهاية المطاف من التصعيد في المنطقة.
في 6 أكتوبر 1999، تمت ترقيته كأدميرال من فئة الأربع نجوم وعُيّن رئيسًا للأركان البحرية بعد استقالة الأدميرال بوخارهي قبل الأوان من لجنته احتجاجًا على رفض الأخير لرئاسة لجنة الأركان المشتركة. ظل الأدميرال ميرزا يدعم الأحكام العرفية في عام 1999 وقيل إنه قريب من رئيس هيئة الأركان المشتركة ورئيس أركان الجيش الجنرال برويز مشرف . بعد أسبوعين، تم تجنيده كعضو بارز في مجلس الأمن القومي إلى جانب قائد الأركان الجوية المارشال ب . ك. مهدي . في 4 نوفمبر 1999، أصدر الأدميرال ميرزا تقريراً عن أرقامه، حيث أصدر الجنرال مشرف أوراق إعادته الضريبية. في عام 2000، أعلن الأدميرال ميرزا عن إسقاط غواصات Agosta-90B إلى البحرية الملكية السعودية والبحرية الماليزية الملكية، لكن لم يتم الاتفاق على بيع الغواصات لأن باكستان فرضت قيودًا على الصادرات.
في عام 2001، سأل الرئيس مشرف حول قراره تجاه الإرهاب والتناوب العسكري في غرب باكستان لكن ورد أن الرئيس مشرف حذره بسبب اختلاف رأيه. قيل إنه حذر من توسع البحرية الهندية وأشار إلى أن ميزانية البحرية الهندية قد زادت بنسبة 6900 ٪ منذ عام 1971.
قاد البحرية الباكستانية خلال المواجهة العسكرية بين الهند وباكستان في 2001-2002 وصرح بجرأة أن البحرية الباكستانية ستحتفظ بها ضد البحرية الهندية . وبصفته قائد البحرية، فهو كان في الإشراف على تطوير وبناء غواصات من طراز Agosta-90B من فئة خالد في مختلف القدرات حيث أنشأت باكستان أول غواصة من السكان الأصليين في عام 2002.