يدير المؤسسة مديرها العام ومجلس إدارة يرأسه وزير النقل. وتنقسم المؤسسة إلى عدة مديريات وأقسام حسب طبيعة المهام المناطة بكل منها، وهي:
- مديرية الشؤون الإدارية والمالية، وتضم القسم المالي وقسم اللوازم والقسم الإداري.
- مديرية الحركة والميكانيك، وتضم قسم الحركة وقسم الميكانيك.
- مديرية الرقابة الداخلية، وتضم قسم الأملاك.
- مديرية التخطيط والهندسة، وتضم قسم الخطوط وقسم المباني.
المصدر: wikipedia.org