اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
ظلَّت المدينة معقلاً للإسلام ومركزاً للعلوم الدينية في عهد انحطاطها السياسي، حيث شهد القرن السادس ظهور أسرة مرموقة من العلماء فيها هي أُسرة آل برهان التي اعتمد عليها القره خطاي في حكم بخارى، وكان يُطلق على زعيم هذه الأسرة اسم الصدر. في سنة 604 هـ/1207 م انتقل حكم بخارى إلى علاء الدين محمد بن تكَش خوارزم شاه الذي جدَّد بناء القلعة وشيَّد بعض المباني. وفي الرابع من ذي الحجة سنة 616 هـ/10 شباط 1220 م استسلمت بخارى لجيش جنكيز خان، ونُهِبَت المدينة وأُحرقت إلا المسجد الجامع وبعض القصور، ولكنها لم تلبث أن استعادت عافيتها بعد ذلك، إذ يرد ذكرها مدينةً مأهولةً ومركزاً للعلوم في عهد خلفاء جنكيز خان.
وكانت محنة "المغول" أن نزلوا بظاهر المدينة في الرابع من ذي الحجة سنة 616 هـ/10 شباط 1220 م، وتمكنوا من اقتحامها ودخل "جنكيز خان" المسجد الجامع بفرسه، وأذن لجنوده، فقاموا بأعمال النهب والسلب والتخريب في المدينة. وظل الحال هكذا حتى ظهر نفر من جند السلطان "محمد خوارزم شاه" كانوا مختبئين في المدينة، وكانوا يقومون بغارات ليلية على "المغول"، فغضب "جنكيز خان" وأمر بإشعال النار في المدينة. وظل "المغول" يحكمون المدينة فترات طويلة من تاريخها.
لا تتوافر معلومات واضحة عن طريقة حكم هذه المدينة في السنوات الأولى من حكم المغول، وكل ما يعرف هو أن «المُلاَّ» والأشراف كانوا معفيين من الضرائب أسوة بكهنة الأديان الأخرى، وأن أميرة مغولية مسيحية بَنَت المدرسة الخانية في بخارى على نفقتها الخاصة، وأن العلامة المشهور سيف الدين باخرزي (ت 659 هـ/1261 م) عُين مدرساً لهذه المدرسة ومتولياً لها، وأنشأ أحد أشرافها المعروف باسم مسعود بك مدرسة أخرى، سميت المسعودية نسبة إليه، في ميدان بخارى، وكان يتعلَّم في كل من هاتين المدرستين نحو ألف طالب.
وفي سنة 671 هـ/1273 م استولى جيش أباقا حاكم فارس المغولي على بخارى وهدَّمها وشرَّد سكانها، ثم أُعيد بناؤها، ولكنها خُرِّبت ثانية سنة 761 هـ/1359 م من قبل مغول فارس، ويبدو أنه لم يكن لبخارى أهمية في الحياة السياسية لبلاد ما وراء النهر في عهد التيموريين.