كتب building blossom matrices
اذا لم تجد ما تبحث عنه يمكنك استخدام كلمات أكثر دقة.
بناء مصفوفات بلوسوم (معلومة)
مصفوفات بلوسوم يتم الحصول عليها باستخدام كتل من تسلسل الأحماض الأمينية مماثلة البيانات، ثم تطبيق الأساليب الإحصائية على البيانات للحصول على التشابه. خطوات الاساليب الاحصائية :
سلاسل الإلغاء
سلاسل الإلغاء متطابقة أكثر من (r%) . وهناك طريقتين لسلاسل الإلغاء . ويمكن أن يتم ذلك إما عن طريق إزالة سلاسل من الكتلة أو فقط من خلال إيجاد سلاسل مماثلة و استبدالها بسلاسل جديدة التي يمكن أن تمثل الكتلة. الإلغاء هو إزالة سلاسل البروتين التي هي أكثر مماثلة من العتبة محددة.
حساب التردد و الاحتمالية
قاعدة بيانات تخزن سلسلة التحالفات الأكثر مناطق حفظا لانواع البروتينات. هذه التحالفات تستخدم لاستخلاص مصفوفات البلوسوم . فقط السلاسل مع نسبة التشابه أقل من العتبة المستخدمة. باستخدام الكتلة، تعد أزواج الأحماض الأمينية في كل عمود من المحاذاة المتعددة .
سجل النسبة الفردية
فإنه يعطي نسبة حدوث كل الأحماض الأمينية معا في البيانات المتوقعة لكل زوج .هو تقريب و يستخدم في مصفوفة الاستبدال.
في حين ان (P(O هي قابلية الملاحظة، و (P(E هي قابلية التوقع لحساب مصفوفة بلوسوم يتم استخدام المعادلة التالية:
